Cuba memasang gromacs 5.1.1 melalui homebrew, semua arahan tidak dijumpai

1. Bagaimana saya memasang Gromacs versi terbaru?
2. Bagaimana saya memuat turun dan memasang Gromacs?
3. Bagaimana cara memasang Gromacs pada Windows 10?
4. Bagaimana saya menjalankan Gromacs di Linux?
5. Apakah versi terbaru Gromacs?
6. Bagaimana saya menyemak versi Gromacs?
7. Bagaimana saya memasang Gromacs?
8. Bagaimana saya memuat turun dan memasang Cmake?
9. Bagaimana saya memasang Gromacs dengan sokongan GPU?
10. Bagaimana saya memuat turun Gromacs di Linux?
11. Bagaimana anda menggunakan Gromacs?
12. Bagaimana menyahpasang Gromacs Linux?

Bagaimana saya memasang Gromacs versi terbaru?

Sebagai alternatif, anda boleh memuat turun dan membongkar rangkaian ujian regresi GROMACS https: // ftp.gromak.org / regressiontests / regressiontests-2021.2.tar.gz tarball sendiri dan gunakan pilihan cmake lanjutan REGRESSIONTEST_PATH untuk menentukan jalan menuju tarball yang belum dibungkus, yang kemudian akan digunakan untuk ujian.

Bagaimana saya memuat turun dan memasang Gromacs?

Sebagai alternatif, anda boleh memuat turun dan membongkar rangkaian ujian regresi GROMACS http: // gerrit.gromak.org / muat turun / ujian regresi-2020.tar.gz tarball sendiri dan gunakan pilihan cmake lanjutan REGRESSIONTEST_PATH untuk menentukan jalan menuju tarball yang belum dibungkus, yang kemudian akan digunakan untuk ujian.

Bagaimana cara memasang Gromacs pada Windows 10?

Prosedur

1. Muat turun kod sumber GROMACS dan hapus zip di suatu tempat.
2. Jalankan CMake GUI.
3. Tetapkan direktori kod sumber di "Di manakah kod sumber" ...
4. Tetapkan lokasi lain untuk meletakkan GROMACS terbina dalam "Tempat membina binari" ...
5. Klik Konfigurasi. ...
6. Konfigurasi akan berhenti kerana tidak dapat mencari FFTW.

Bagaimana saya menjalankan Gromacs di Linux?

Jalankan fail input (.

Langkah seterusnya adalah menggabungkan struktur molekul (file gro), topologi (fail atas) parameter-MD (fail mdp) dan (pilihan) fail indeks (ndx) untuk menghasilkan fail input run (sambungan tpr). Fail ini mengandungi semua maklumat yang diperlukan untuk memulakan simulasi dengan GROMACS.

Apakah versi terbaru Gromacs?

GROM

Bagaimana saya menyemak versi Gromacs?

Cukup ketik "pdb2gmx" di terminal, anda akan mengetahui semua maklumat yang diperlukan.

Bagaimana saya memasang Gromacs?

Sebagai alternatif, anda boleh memuat turun dan membongkar rangkaian ujian regresi GROMACS http: // gerrit.gromak.org / muat turun / ujian regresi-5.1.4.tar.gz tarball sendiri dan gunakan pilihan cmake lanjutan REGRESSIONTEST_PATH untuk menentukan jalan menuju tarball yang belum dibungkus, yang kemudian akan digunakan untuk ujian.

Bagaimana saya memuat turun dan memasang Cmake?

II- Memasang CMake

Muat turun Windows (pemasang WIN32). Anda akan mendapat fail bernama cmake-version-win32-x86.exe. Jalankan dan ikuti proses pemasangan. Pastikan untuk memilih Tambah CMake ke pilihan PATH sistem.

Bagaimana saya memasang Gromacs dengan sokongan GPU?

Memuat turun toolkit CUDA

Sekarang pilih versi terbaru toolkit CUDA mengikut sistem anda dari sini. Muat turun fail jalankan tempatan menggunakan arahan berikut. File run mengandungi setiap komponen penting yang akan dipasang. Tukar ke direktori di mana anda ingin memuat turun pemasang.

Bagaimana saya memuat turun Gromacs di Linux?

1. Bermula. Sekiranya anda baru memasang Ubuntu, jangan lupa untuk mengemas kini maklumat dan pakej perisian repositori anda dalam sistem anda. ...
2. Pemasangan. Langkah pertama dalam memasang Gromacs adalah mendapatkan cmake, Di terminal, ketik: sudo apt-get install cmake. ...
3. Kaedah Mudah. ...
4. Pemasangan Berkala.

Bagaimana anda menggunakan Gromacs?

Alat penyediaan awal GROMACS menggunakan input PDB untuk membuat tiga fail yang diperlukan untuk simulasi MD.
...
Persediaan

1. buat fail 'topologi'.
2. menukar struktur protein PDB menjadi fail GRO, dengan struktur berpusat di kotak simulasi (unit sel)
3. buat fail kekangan kedudukan.

Bagaimana menyahpasang Gromacs Linux?

Untuk menyahpasang pakej ini, anda boleh dengan mudah menggunakan perintah apt dan mengeluarkan pakej dari Sistem Operasi Linux. Ini akan menghilangkan gromac dan semua bungkusannya yang tidak diperlukan lagi dalam sistem. Perintah di atas akan membuang semua fail konfigurasi dan data yang berkaitan dengan pakej gromacs.